自八神太一等人打敗啟示錄獸拯救數(shù)碼世界后,孩子們度過了平靜的兩年。一天泉光子郎收到了署名玄內(nèi)的電子郵件:守護數(shù)碼世界秩序與和平的阿爾法獸不知為何忽然發(fā)狂,作為擁有“開端獲取之力”的強大能力的超級圣騎士,數(shù)碼世界陷入了前所未有的大危機,請被選召的孩子們回去阻止它。
孩子們臨危受命,帶上暴龍機通過郵件中的鏈接穿過時空大門到達數(shù)碼世界,然而即使有奧米加獸的參戰(zhàn),最終重創(chuàng)了阿爾法獸,與此同時為數(shù)碼世界爭取到了珍貴的喘息的時間。
在此期間,玄內(nèi)老人在深海發(fā)掘了一塊記載著古老預(yù)言的石板,在玄內(nèi)老人和光子郎的合力破解下,孩子們知道了神秘儀式與第九個被選召的孩子的存在,而這時,數(shù)碼世界的大門在現(xiàn)實世界中打開,第九個孩子終于應(yīng)宿命來到了數(shù)碼世界。
奧米加獸和阿爾法獸大戰(zhàn)的能量爆炸損壞了許多數(shù)據(jù),加上黑暗能量的侵蝕,數(shù)碼世界的部分地貌因此改變,阿爾法獸也墜落在極北雪原沉睡;因黑暗力量的肆虐,許多曾被消滅的邪惡數(shù)碼獸復(fù)活后卷土重來,在大戰(zhàn)后的焦土上不斷襲擊正義的數(shù)碼獸們,為了確保黑暗一直籠罩數(shù)碼世界,他們擋在了孩子們前進的道路上。
其中,惡魔獸控制了檔案島;而在沙拔大陸上,以吸血魔獸為首的不死型數(shù)碼獸控制了大陸的東北部;以小丑皇為首的魔人型數(shù)碼獸則將昔日的同伙收歸盔下,重新**西邊的黑暗龍卷山一帶;更有七大魔王之一的莉莉絲獸暗中在古老的沼澤神殿中布局,意圖以孩子們的生命為代價舉行神秘儀式,打開時空通道,入侵現(xiàn)實世界。
為了數(shù)碼世界的存續(xù)與未來,孩子們要前往極北雪原消滅阿爾法獸,阻止神秘儀式;而邪惡數(shù)碼寶貝渴望擴大黑暗勢力,占領(lǐng)現(xiàn)實世界,報復(fù)創(chuàng)造了它們又拋棄它們甚至要消滅它們的人類。于是抱著不同的目的,雙方從檔案島一路不斷戰(zhàn)斗,孩子們和數(shù)碼獸不斷成長變強,一路無懼艱險,力克強敵,最終在極北雪原與阿爾法獸展開了最后的決戰(zhàn)!
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